多於生後3個月內開始感染病毒、黴菌、原蟲和細菌, 而反復發生肺炎、慢性腹瀉、口腔與皮膚念珠菌感染及中耳為等。 病兒生長發育障礙。 體檢一般不見淺表淋巴結和扁桃體。 胸部放射線檢查不見嬰兒胸腺陰影。 若由於疏忽, 給患兒接種牛痘疫苗或服用脊髓灰質炎疫苗, 會引起致死性牛痘病和脊髓灰質炎。 此外, 給患兒輸入含免疫活性淋巴細胞的全血, 會發生移植物-抗宿主病。
網狀組織發育不全是SCID的最重量型, 其特點是雙系統免疫缺陷與嚴重粒細胞缺乏。 大多因鏈球菌膿毒血症而於生後1周內死亡。
伴腺苷脫氫酶(ADA)缺乏的SCID為常染色體隱性遺傳, 臨床表現與普通SCID相似, 但骨損害較多, 常累及肋軟骨連接處、脊椎、骨盆和肩胛骨。 ADA 是嘌呤分解代謝的催化酶;ADA缺乏可通過幾種機制影響免疫調節而引起本病。 檢測病人紅細胞和胎兒細胞的ADA活性, 可明確診斷和為產前診斷提供依據。