本病主要應與下面的幾個疾病進行鑒別：
1、新生兒足內翻：
新生兒足內翻與先天性馬蹄足外觀相似， 多數為一側,足呈馬蹄內翻但足內側不緊， 足可以背伸觸及脛骨前面， 經手法治療1～ 2 個月可完全正常。
2、神經源性馬蹄足：
神經改變引起的馬蹄足， 隨兒童發育畸形逐漸變的明顯， 應注意腸道和膀胱功能有無改變， 足外側有無麻木區， 特別注意腰骶部小凹或竇道及皮膚的色素改變， 必要時應行MRI 檢查確定是否存在脊髓栓系。 肌電圖及神經傳導功能檢查對瞭解神經損傷有幫助。
3、脊髓灰質炎後遺馬蹄足：
出生時足部外觀無畸形， 發病年齡多在6個月以上， 有發熱史， 單側多見， 伴有腓骨長短肌癱瘓， 早期無固定畸形， 大小便正常， 可以有其他肌肉癱瘓。
4、腦癱後馬蹄足：
圍產期或生後有缺氧史， 大多於出生後就發現異常， 馬蹄足畸形隨生長逐漸明顯， 但在睡眠中可消失或減輕， 一經刺激畸形更明顯。 馬蹄為主， 內翻少， 無內收， 畸形多為雙側性或同側上下肢， 雙下肢交叉步態， 下肢肌痙攣明顯， 常伴有智力減退。
5、多關節攣縮症：
馬蹄足呈雙側性， 足畸形為全身多個關節畸形的一部分， 全身大多數肌肉萎縮、變硬， 脂肪相對增加， 馬蹄足僵硬不易矯正， 髖、膝關節常受累。
