同一種飲水， 炮製方法不同， 功效各異。 如大黃生用峻瀉直達下焦， 而蒸炙為熟大黃， 瀉下作用明顯減弱， 適用于老人、小兒便秘;
炒成大黃炭， 不但沒有瀉下作用， 反而有止血、止瀉及收斂作用。 又如生麻黃解表， 麻黃止咳平喘， 等等。
同一類藥， 藥性有別， 也不能互相代替作用。 如川貝母和浙貝母， 同為貝母類， 但川貝母偏重于治陰虛肺燥的虛證咳嗽， 而浙貝母側重於治外感及內熱咳嗽， 還可以解一切瘡瘍腫毒。 又如茯苓和豬苓、胡黃連和黃連等。
同一植物的藥材生長期和採摘期不同，
又如柏子仁和側柏葉、蘇梗和蘇葉等均不能互相代替。
有些藥名相近， 但不屬於同一類藥物。 例如桑螵蛸和海螵蛸， 桑螵蛸為螳螂科昆蟲刀螂的卵鞘， 具有補腎、固精的功效;
而海螵蛸為烏賊科動物烏賊的內殼， 具有除濕制酸、止血斂瘡的功效。 如北柴胡和銀柴胡、山茱萸和吳茱萸、百合和百部等， 都不能互相代替使用。
