肛管直腸周圍膿腫有兩大類：一類與肛腺及肛瘺有關， 稱為“原發性急性肛腺肌間瘺管性膿腫”簡稱“瘺管性膿腫”， 較多見;一類與肛腺及肛瘺無關， 稱為“急性非肛腺性非瘺管性膿腫”， 簡稱“非瘺管性膿腫”較少見。
現代醫學認為， 肛瘺的病因主要是細菌感染， 細菌侵犯的部位是肛隱窩、肛門腺導管和肛門腺體， 肛門腺感染、化膿， 形成肛周膿腫， 自然破潰， 或經手術切開排膿後形成肛瘺。
肛瘺不能自愈， 手術後容易復發， 究其原因可能有以下一些。
（1）內口的存在：膿腫雖然破潰或已切開引流， 但原發感染源如肛竇炎、或肛腺感染依然存在，
（2）肛門部不能靜養， 膿腔不易粘合：排糞、排尿時， 因括約肌收縮或因炎症刺激肛門括約肌， 使肛門括約肌經常處於痙攣狀態;
（3）腸腔中的糞便、腸液和氣體繼續進入瘺管， 刺激管壁， 使管壁結締組織增生變厚， 管腔難以閉合;
（4）膿腔引流不暢， 或外口縮小， 時閉時潰， 膿液蓄積腔內， 導致膿腫再發並穿破而形成新的支管或瘺道;
（5）管道多在不同高度穿過肛門括約肌， 括約肌收縮阻礙膿液排出， 以致引流不暢。 除此之外， 結核、克隆氏病、潰瘍性結腸炎等都是形成肛瘺的原因。 所以， 患者一旦發生肛瘺， 應儘早去正規醫院就診， 根據不同的肛瘺類型， 選擇相應的治療方法。
