1.心臟。 咖啡因以兩種方式作用於心臟：除了影響調節心血管系統的大腦中樞， 也直接對心臟產生作用。 高劑量的咖啡因能使不耐受咖啡因的人每分鐘增加10~20次心跳， 並且可能使某些人短暫心律不齊。
因此， 適度飲用含咖啡因（平均每天最多500毫克）的飲品， 不會大幅提高心臟疾病風險， 但超過這個劑量可能會增加患心肌梗死的風險。
2.腎臟。 早上喝咖啡後愛上廁所， 是許多人經常遇到的事。 這是因為咖啡因會影響腎臟的腺苷受體， 起到類似利尿劑的作用。 咖啡因也可能減緩大腦釋放一種減少尿液生成的抗利尿激素。
3.消化系統。 咖啡中的酸質、油脂及咖啡因都可能刺激胃黏膜， 並促進胃酸分泌， 長期大量飲用含有咖啡因的飲品， 會導致胃病。
4.呼吸系統。 咖啡因及類似藥物對於呼吸有兩種影響， 一是增加呼吸速率。 此外， 咖啡因可使氣管周圍的平滑肌放鬆， 因而使氣管擴張， 增加呼吸量。 但咖啡因不可以作為藥物用於臨床來治療哮喘。
5.生殖系統。 有研究指出， 婦女懷孕期間喝咖啡， 生下的嬰兒出生體重較低。 也有研究顯示， 服用咖啡因（相當於每天喝多於一杯咖啡）可能顯著降低婦女受孕的機會。
6.眼睛。 咖啡因會使眼部微血管收縮（變窄）， 使得進入眼睛細胞的營養物質減少， 也會降低眼睛清除廢物的速率。
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