肝硬化結節
肝硬化結節最容易被診斷為肝癌， 因為多數原發性肝癌會發展為肝硬化， 而肝硬化嚴重者會出現大量增生結節， 這種結節與早期肝癌較難區分， 建議進行超聲或CT引導下穿刺活檢， 以便準確診斷。
肝血管瘤
肝血管瘤和肝細胞癌易混淆， 其實血管瘤生長緩慢， 一般沒有慢性肝病病史， 臨床無乏力、納差、腹脹等表現， 體征也不會出現肝掌、蜘蛛痣、黃疸、雙下肢水腫等。
不均勻脂肪肝
部分脂肪肝患者有不均勻的脂肪堆積， 有時難以和肝癌區別。 臨床上， 脂肪肝不會有肝癌患者的全身表現，
肉芽腫
一些女性患者因口服避孕藥、寄生蟲感染或者自身免疫功能紊亂等原因， 肝臟會出現孤立光滑且完整的結節， 影像上難以和肝癌區別。 建議進行超聲或CT引導下組織學檢查。
肝膿腫
患者有乏力、低熱、消瘦、肝區不適等臨床表現， 發病初期難以和肝癌鑒別， 需要結合血常規、AFP、肝功等生化指標綜合判斷。
如果想明確診斷， 還要留意以下危險因素：是否有慢性乙、丙肝病史， 是否有進食或接觸黃麴黴素病史， 是否有長期酗酒史， 是否有肝癌家族史。 另外， 肝癌患者可能會出現鞏膜輕度黃染、肝掌、蜘蛛痣;中晚期會出現腫大淋巴結， 雙下肢輕度水腫， 而良性病變患者沒有以上體征。
