(一)中毒型菌痢
本病亦多見於夏秋季， 兒童多發， 病初胃腸症狀出現前即可有高熱及神經症狀(昏迷、驚厥)， 故易與乙腦混淆。 但本病早期即有休克， 一般無腦膜刺激征， 腦脊液無改變， 大便或灌腸液可查見紅細胞， 膿細胞及吞噬細胞， 培養有痢疾桿菌生長， 可與乙腦相區別。
(二)化膿性腦膜炎
症狀類似乙腦， 但冬春季節多見， 病情發展較速， 重者病後1～2天內即可進入昏迷。 流腦早期即可見瘀點。 肺炎雙球菌腦膜炎、鏈球菌腦膜炎以及其他化膿性腦膜炎多見於幼兒， 常先有或同時伴有肺炎， 中耳炎， 乳突炎，
(三)結核性腦膜炎
少數結核性腦膜炎患者發病急， 早期腦脊液含量可不低， 在乙腦流行季節易誤診， 但結腦病程長， 有結核病灶或結核病接觸史， 結核菌素試驗大多陽性。 結腦腦脊液外觀呈毛玻璃樣， 白細胞分類以淋巴細胞為主， 糖及氯化物含量減低， 蛋白可增加；放置後腦脊液出現薄膜， 塗片可找到結核桿菌。
(四)流行性腮腺炎、脊髓灰質炎、柯薩奇及埃可病毒等所致中樞神經系統感染
這類病人腦脊液白細胞可在0.05～0.5×109/L之間， 但分類以淋巴細胞為主。 部分流行性腮腺炎患者可先出現腦膜腦炎的症狀， 以後發生腮腺腫脹， 鑒別時應注意詢問流腮接觸史。
(五)鉤端螺旋體病
本病的腦膜炎型易與乙腦混淆， 但多有疫水接觸史， 乏力、腓腸肌痛、結膜充血、腋下或腹股溝淋巴結腫大， 腦脊液變化輕微。 可用血清學試驗加以證實。
(六)腦型瘧疾
發病季節、地區及臨床表現均與乙腦相似。 但腦型瘧疾熱型較不規則。 病初先有發冷、發熱及出汗然後出現腦症狀。 還可有脾腫大及貧血。 血片查找瘧原蟲可確診。
(七)其他
新型隱球菌性腦膜炎、中暑、腦血管意外、蛛網膜下腔出血、急性腦型血吸蟲病、斑疹傷寒及敗血症等所致腦病，
