病因目前仍然不明。 學說甚多, 可歸納為兩類:
一、原發性:認為是全身疾病的一種局部表現, 可能與缺乏脂類及脂溶性維生素, 或與營養障礙、微量元素缺乏或不平衡、遺傳因素、膠原性疾病等有關;亦可能與內分泌失調有一定關係, 因多發于女青年, 並在月經期症狀加重。 近年來隨著免疫學的發展, 發現本病患者大多有免疫功能紊亂, 故有人認為, 本病可能是一種免疫性疾病。
二、繼發性:由局部因素引起, 如鼻腔粘膜受到外傷或手術切除過多, 或因患特殊傳染病如結核、硬結病、麻風、梅毒等所致。 慢性肥厚性鼻炎的晚期,
病理早期粘膜僅呈慢性炎症的改變, 繼而發展為進行性萎縮。 粘膜與骨部血管逐漸發生閉塞性動脈內膜炎和海綿狀靜脈叢炎, 血管壁結締組織增生肥厚, 管腔縮小或閉塞, 血液迴圈不良, 導致粘膜、腺體、骨膜及骨質萎縮、纖維化, 粘膜的假複層纖毛柱狀上皮逐漸轉化為複層鱗狀上皮。