瓶頸一：中藥材生產落後於中藥工業發展。 對策：提高種植技術， 建立藥材品質標準， 控制產品源頭品質， 保證品質的同時穩定價格。
瓶頸二：有效成分提取轉移率低。 對策：國家從政策導向上致力於產學研結合， 推動新技術的產業化應用；重視製藥裝備技術提升， 支援技術先進、線上檢測與中藥產品聯合的裝備研究。
瓶頸三：藥品標準的科學性及合理性欠缺。 對策：採用中藥指紋圖譜技術等多成分分析法， 加強對有害物質的檢測， 設定中藥活性成分含量範圍， 採用生物檢定法測定中藥的效價， 直觀反映中藥的有效性、安全性。
瓶頸四：實施生產過程分析技術難題。 中藥成分複雜， 將資訊、自控、快速分析等技術集成形成自動化採集資料， 任何一個環節出現偏差系統就會報警。 對策：鼓勵支援生產過程分析關鍵技術研究以及與中藥產品結合的自控和藥品資料資訊關鍵技術的研究。
瓶頸五：企業品牌和智慧財產權戰略運用能力不足。 對策：政府引導企業向科技型、規模化的方向發展， 形成具有國際市場競爭力的中藥產業集團；實施名牌帶動戰略， 制定品牌培育、創建的激勵政策和措施， 發揮龍頭企業名牌輻射帶動作用等。
