《內經》所論臟腑數目不盡相同， 這也符合《內經》各家學說的性質， 具有多家觀點， 在這裡僅對基本符合髒、腑定義的臟腑數目加以探討， 諸如“形髒四， 神髒五”及唐代王冰所謂“九形腑”， 均是從“天人相應”觀得出的認識， 但其中挾雜著“形”， 故不符合在《內經》中占主導地位的“臟腑”的定義， 在中醫學裡也未能得到進一步發展， 所以不在此討論。 “奇恒之府”雖屬臟腑之範疇， 但也因其不符合髒、腑的嚴格定義， 因此也不再進行討論。
十一臟腑說
《內經》多處提到“五臟六腑”， 包括心、肝、脾、肺、腎、胃、大腸、小腸、膽、三焦、膀胱這十一個臟器。
十二臟腑說
《素問·靈蘭秘典論》雲：“心者， 君主之官也， 神明出焉。 肺者， 相傅之官， 治節出焉。 肝者， 將軍之官， 謀慮出焉。 膽者， 中正之官， 決斷出焉。
《內經》認為心包絡僅起代心行令、代心受邪、保護心臟的作用。 正如《靈樞·邪客》說：“故諸邪之在於心者， 皆在於心之包絡”， 除此並無其他特殊功能。 因此， 中醫在論述各個臟腑功能時， 大多把心包絡放入心中討論， 並且認為它只是心的一個附屬器官， 所以無論是在《內經》還是在後世醫籍， 心包絡均未受到過多的重視， 十二臟腑說也並未佔據主要位置， 而仍以十一臟腑說為主。
另外， 《難經》在《內經》十二臟腑說的基礎上多有闡述。 如《難經·三十六難》雲：“髒各有一耳， 腎獨有兩者， 何也？然：腎兩者， 非皆腎也。 其左者為腎， 右者為命門。 命門者， 諸神精之所舍， 原氣之所系也；男子以藏精， 女子以系胞。 故知腎有一也。
十三臟腑說
王好古《此事難知》認為六髒六腑為十二， 又加胞一腑， 則為十三臟腑。 胞在《內經》中實有三個概念， 一者尿胞， 一者心包絡， 一者女子胞。 王好古把胞作為一腑， 用的是尿胞概念， 如他雲：“膀胱胞內居之”， “膀胱者， 胞之室也”。
筆者認為， “胞移熱於膀胱”語出《素問·氣厥論》， 對於“胞”的解釋， 歷代醫家主要有兩種意見：其一認為指精室與女子胞， 如吳崑、張介賓等；其二認為膀胱之中又有一胞， 如馬蒔、王履等。 這些解釋均不能盡其經旨。 考“胞”字， 《內經》有多種含義， 其一為心包絡。 如《素問·痿論》“悲哀太甚， 則胞絡絕”， 據此， 此“胞”當為心包絡。 心包絡之脈同手少陽三焦相表裡， “下膈，曆絡三焦”，膀胱正位於下焦，從而構成心君、心包絡和膀胱之間的經絡聯繫。正如楊上善注《素問·痿論》時所雲：“心悲哀太甚，則令心上胞絡脈絕，手少陽氣內動有傷，心下崩損，血循手少陽脈下，尿血”，強調血從包絡循手少陽脈下至膀胱，也就闡明了心君、心包絡有熱、包絡移熱於膀胱的途徑。《內經》原文說“胞移熱於膀胱，則癃、溺血”。癃是指排尿困難，甚則小便閉塞不通，由膀胱氣化不利所為。膀胱氣化不僅取決於臟器自身，且與心、心包絡有關。清代名醫曹仁伯認為：經曰：胞移熱於膀胱則癃、溺血，故藥用導赤散合火府丹加燈火。程國彭認為“心主血，心氣熱，則遺熱于膀胱，陰血妄行而溺出焉”；“清心，阿膠散主之”。由此不難看出，這些臨床大家，雖然沒有明確指出“胞”即“心包絡”，但卻是依此用藥行治，而且行之有效，這也從實踐上證明這一論點的正確性。
綜上所述，十三臟腑說主要爭議在“胞”，“胞”或為尿胞為膀胱之一部分，或為心包絡已包含在六腑之內，因此，十三臟腑說不能成立。總之，就臟腑數目而言，《內經》形成時期主要有十一臟腑說、十二臟腑說兩種。
“下膈，曆絡三焦”，膀胱正位於下焦，從而構成心君、心包絡和膀胱之間的經絡聯繫。正如楊上善注《素問·痿論》時所雲：“心悲哀太甚，則令心上胞絡脈絕，手少陽氣內動有傷，心下崩損，血循手少陽脈下，尿血”，強調血從包絡循手少陽脈下至膀胱，也就闡明了心君、心包絡有熱、包絡移熱於膀胱的途徑。《內經》原文說“胞移熱於膀胱，則癃、溺血”。癃是指排尿困難，甚則小便閉塞不通，由膀胱氣化不利所為。膀胱氣化不僅取決於臟器自身，且與心、心包絡有關。清代名醫曹仁伯認為：經曰：胞移熱於膀胱則癃、溺血，故藥用導赤散合火府丹加燈火。程國彭認為“心主血，心氣熱，則遺熱于膀胱，陰血妄行而溺出焉”；“清心，阿膠散主之”。由此不難看出，這些臨床大家，雖然沒有明確指出“胞”即“心包絡”，但卻是依此用藥行治，而且行之有效，這也從實踐上證明這一論點的正確性。綜上所述，十三臟腑說主要爭議在“胞”，“胞”或為尿胞為膀胱之一部分，或為心包絡已包含在六腑之內，因此，十三臟腑說不能成立。總之，就臟腑數目而言，《內經》形成時期主要有十一臟腑說、十二臟腑說兩種。
