輸卵管妊娠的病因至今還是不能明確的, 但主要可能原因可能是因為輸卵管異常。
患者如果曾經患有慢性輸卵管炎、闌尾炎、盆腔結核、腹膜炎及子宮內膜異位症都有可能會導致輸卵管粘連、狹窄、部分阻塞, 導致輸卵管妊娠情況的出現。 另外, 輸卵管發育不良的話也會影響到受精卵的正常運行, 輸卵管憩室或副傘等先天畸形亦可導致輸卵管妊娠。
如果不是因為輸卵管異常問題, 那就 有可能是受精卵遊走。 卵子在一側輸卵管受精之後成為受精卵, 會經過宮腔進入對側輸卵管後種植, 游走於腹腔內,
現在很多女性都會用節育環避孕, 也就是俗稱的“上環”, 但是上環避孕失敗的話發生輸卵管妊娠的幾率是會增大的。 而一些避孕藥孕激素比較低劑量的話, 也會使輸卵管蠕動異常, 發生輸卵管妊娠。 用含有大量雌激素的緊急避孕藥避孕失敗而受孕者, 發生輸卵管妊娠的幾率也增大。