當藥物對癲癇病情沒有明顯作用時， 一些癲癇患者便會採用手術治療， 對腦皮質病灶進行切除， 通過開顱手術直接切除癲癇病灶或阻斷傳導通路。 開顱手術有非常大的風險， 術前必須嚴格檢查， 確定患者的條件適宜才可以進行手術。 常見的治療癲癇的外科手術有：
腦皮質病灶切除術
適宜物件是：癲癇患者年齡在5歲以上；頻繁發作並影響了日常的生活和學習；病灶位於大腦皮質， 定位明確並與臨床表現、腦電圖、腦電地形圖一致；經過正規的藥物治療但仍不能控制癲癇的發作者。 引起癲癇的病灶不在大腦的重要功能區。
一側顳葉切除術
適宜物件是：有輕微癲癇發作， 如訴說視力突然看不清， 聞到一種怪味；或從床上突然爬起， 出外走動， 但意識多無障礙。 有時也可表現為無故的恐懼焦慮， 言語遲鈍， 情感淡漠， 活動減少， 經多次腦電圖檢查確認癲癇病灶位於一側。 經CT或核磁共振檢查證實有局限性病變。 如果癲癇病灶超過了術前或術中所估計的範圍則手術效果不太理想。
大腦半球皮質切除術
適宜物件是：癲癇患者有明顯的圍產期腦部損傷史， 表現為偏癱， 手的功能減退， 乃至完全喪失，
