反流性食管炎最常見的併發症為食管狹窄、出血、潰瘍等， 若侵蝕咽部可造成Delahunty綜合征， 反流物被吸入呼吸道亦可引發吸入性肺炎。
1.食道惡變：食道中發生癌腫的發生率不甚確切， 長期反流物進入Barrett食道可能起惡變作用。 Brrett食道的柱狀上皮區內可以發生異型增生， 程度可自低度到高度， 有時低度異型增生不易與正常柱狀上皮區別， 高度異型增生與原位癌有時難予區別， 並可進展至浸潤癌。
2.食道狹窄：食道狹窄是食管炎最常見的併發症， 發生率為15％～100％。 狹窄部位多於食道中上段的鱗-柱狀上皮交界處， 而胃食道反流引起的狹窄多位於食道下段。
3.胃腸道出血：可表現為嘔血或便血， 並伴有缺鐵性貧血， 發生率約為45％， 其出血來源為食道炎和食道潰瘍。
4.食道潰瘍：食道引起潰瘍的發病率為2％～54％， 食道柱狀上皮受酸性消化液腐蝕後可以發生潰瘍， 出現類似胃潰瘍的症狀， 疼痛可放射至背部， 並可引起穿孔、出血、浸潤， 潰瘍癒合後發生狹窄， 出現下嚥不暢的症狀， 甚至可穿透主動脈導致大出血而迅速致死。
5.Delahunty綜合征：反流的胃液可侵蝕咽部、聲帶和氣管而引起慢性咽炎、慢性聲帶炎和氣管炎， 臨床上稱之Delahunty綜合征。
6.吸入性肺炎：胃液反流和吸入呼吸道尚可致吸入性肺炎。
