IBS的診斷是根據大便特徵， 疼痛時間和特點， 並通過體檢和常規診斷性檢驗排除其他疾病後方能確立。 標準化的IBS診斷標準已被確定。 IBS羅馬標準包括排便後緩解的腹痛， 大便頻度或性質的改變， 腹脹或粘液。 診斷的關鍵是病史的有效獲取， 應注意直接地， 非強制性地對現有症狀， 病史， 過去治療史， 家族史， 家庭成員的關係， 藥物和飲食史進行描述。 患者對私人問題的解釋和患者總體情緒狀態也是同樣重要的。 醫患關係的好壞是決定診斷和治療效果的關鍵。
在體檢時， IBS患者一般呈健康狀態。 腹部觸診可有壓痛，
應作大便隱血檢查(最好為期三天連續進行)。 若無相關的旅遊或症狀(如發熱， 血性腹瀉， 嚴重腹瀉的急性發作)的支持， 極少需進行常規蟲卵或寄生蟲檢查或大便培養。
應進行纖維直腸乙狀結腸鏡檢查， 乙狀結腸鏡伸入和注入空氣經常會誘發腸痙攣和疼痛。 IBS患者的粘膜和血管常正常， 在慢性腹瀉患者， 尤其是年齡較大的婦女中， 粘膜活檢可排除是顯微鏡下的結腸炎， 其有兩種類型：膠原性結腸類， 三色染色顯示粘膜下膠原沉積；淋巴細胞性結腸炎， 粘膜淋巴細胞數增加， 這些患者的平均年齡是60~65歲， 女性多見，
實驗室檢查， 應該包括全血細胞計數， 血沉， 6或12項生化譜， 其中包括血清澱粉酶， 尿液分析和促甲狀腺激素測定。 應根據患者基本病史， 體檢， 年齡， 隨訪評估的結果選作腹部聲像學檢查， 鋇劑灌腸， 食管胃十二指腸或結腸鏡。 然而， 這些檢查只有當損傷輕和花費少的檢查顯示異常時才進行。
對IBS診斷不應排除對伴發疾病的懷疑， 症狀變化可能提示著另一種疾病的存在， 例如疼痛的定位， 形式和強度的改變， 大便習慣， 便秘或腹瀉的改變， 或者反之亦然， 並且新的症狀或主訴(如夜間腹瀉)可能在臨床上具有重要意義。 其他需要檢查的症狀包括糞便中混有新鮮血液，
