過去胃癌的組織發生學中, 胃潰瘍、胃息肉及慢性萎縮性胃炎皆被認為是胃癌的癌前期病變。 近年的研究發現上述幾種情況發生癌變的機會很小。 特別是在賁門部這三種情況比胃的其他部分更少發生。 所以顯然與賁門癌的組織發生關係不大。
目前比較被承認的觀點是賁門癌起源於賁門腺的頸部幹細胞, 因有多方向分化的潛能, 可以形成具有賁門或腺上皮特點的腺癌。 多數賁門癌的光鏡、電鏡和組化研究發現是混合型, 是該觀點的有力支持, 不典型增生是賁門癌的癌前病變, 它也是在上述與賁門癌發病有關的潰瘍、息肉、萎縮性胃炎共有的關鍵病理過程。