第三磨牙萌出困難是引起冠周炎的主要原因。 這種原因的產生是由於磨牙萌出位置不符, 這與人類種系發生和演變過程中, 由於食物、生活習慣與咀嚼力的變化, 逐漸產生下頜骨的退化有關。
磨牙阻生的類型對冠周炎的發生也有一定的影響。 臨床上以部分萌出的垂直陌生和近中傾斜阻生最多, 也最常引起冠周炎。 萌出不全的牙冠位置大多低於第二磨牙咬平面, 其遠中和頰、舌側常有齦瓣覆蓋, 齦瓣與牙冠之間形成深而窄的盲袋, 它自潔作用差, 易藏食物殘渣, 它的溫度及濕度是細菌生長繁殖的良好條件。
咬及咀嚼時對齦瓣的機械損傷, 使粘膜發生潰爛, 破壞了組織的防禦功能, 使細菌乘機而入, 也可引起冠周炎。