功能性消化不良患者在生活中是非常多見的， 對於患者來說， 最重要的就是治療了， 臨床上， 治療功能性消化不良主要是藥物治療， 藥物治療功能性消化不良一般包括抗抑鬱藥、促胃腸動力藥以及抑制胃酸分泌藥， 很多患者都想知道患有功能性消化不良能被治好嗎?專家表示， 只要積極的進行治療， 並且遵循對症治療的話， 那麼， 這種疾病是會被治好的。
一、抗抑鬱藥：
其他治療功能性消化不良療效欠佳而伴隨明顯焦慮、緊張、抑鬱等症狀者可試用抗抑鬱藥， 但起效較慢。 常用藥有二環類抗抑鬱藥，
二、促胃腸動力藥：
適用於以上腹脹、早飽、噯氣為主要症狀的功能性消化不良患者。 多潘立酮為周圍性多巴胺受體阻滯藥， 常用劑量為10mg， 3次/d， 飯前15分鐘服;西沙必利為5-羥色胺受體激動劑， 用量為5mg～10mg， 3次/d， 餐前15分鐘～30分鐘服用， 療程2周～8周。 但西沙必利可致腹鳴、稀便或腹瀉、腹痛和心肌QT間期延長等副作用， 故現已較少應用， 功能性消化不良心臟病人更應慎用;甲氧氯普胺為中樞性及周圍性多巴胺受體阻滯藥， 因長期服用錐體外系副作用大， 故現已少用或不用。 近年來新的促胃腸動力劑， 如莫沙必利、依託比利等也可選用，
三、抑制胃酸分泌藥：
適用以上腹痛伴有反酸為主要症狀的功能性消化不良患者， 可選擇鹼性制酸劑或酸分泌抑制劑， 如西咪替丁等H2受體拮抗藥或奧美拉唑等質子泵抑制藥等。
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