砂仁味辛， 性溫， 屬理氣藥。 主要有行氣調中， 醒脾開胃， 助消化的作用。 並能引氣歸腎， 兼有溫腎， 化濕的作用。 對因氣滯及脾胃濕冷而引致的脘腹脹滿、痰濕積滯， 嘔吐， 泄瀉、腹痛、消化不好等症， 可用砂仁行氣散寒、化濕和胃， 助消化。 常配合枳實、白術， 木香， 半夏， 陳皮， 茯苓、藿香、焦神曲等同用。
對因脾胃虛寒而致的泄瀉(腹部冷痛， 喜按喜暖、口不渴、大便清稀)， 可用砂仁溫脾， 敞寒， 燥濕。 常配合黨參， 白術， 木香， 炮薑、茯苓等同用。 對因脾胃虛寒而引致的冷痢(腹中冷痛、裡急後重， 大便帶有白色粘凍、遇寒加重)， 也可用本品暖脾、行氣，
重用熟地等質地滋膩的補藥時， 配用一些砂仁， 可免除滋補藥妨害消化、減低食欲的副作用。 前人有“砂拌熟地”(用砂仁拌粘熟地黃上)的用法。 既免除了熟地滋膩害胃之弊， 又可引熟地歸腎， 可謂一舉兩得。
蔻仁與砂仁均有行氣調中的作用， 但蔻仁和胃止嘔的作用勝於砂仁， 砂仁暖胃燥濕的作用勝於蔻仁。
肉桂與砂仁均能入腎。 引火歸元(腎)時用肉桂， 引氣歸元(腎)時用砂仁。
砂殼(砂仁的外殼)也有理氣醒胃的作用， 但缺乏砂仁溫中敝寒的效力。 砂殼氣味薄、燥性小， 肝旺胃弱者用之合宜。
據近代藥理研究， 砂仁有芳香健胃作用， 可促進胃的機能， 促進消化液的分泌， 並可排除消化管內的積氣。 用量一般為五分至一錢半。 特殊需要時可用至二、三錢。 入煎劑時， 宜打碎後下， 久煎可減小藥效。 砂殼體輕， 一般用三， 五分或七、八分。
砂仁有芳香溫燥之性， 陰虛有實熱者慎用。
