百合病蟲害發生的種類較多， 但對百合收成有影響的主要是百合枯萎病、灰黴病、葉枯病、病毒病、根腐病、蚜蟲、地老虎、螻蛄等， 其中危害損失最嚴重的是百合枯萎病和百合灰黴病。
病蟲防治原則：預防為主， 綜合防治。 對百合生產威脅最大的是百合枯萎病和灰黴病。 尤其是百合枯萎病， 一定要從輪作、選種、消毒等環節入手做好預防工作， 以農業防治為主。 當百合枯萎病剛剛刀：始表現症狀時， 立即用對路藥劑刀：展防治， 防效也只有70-80%， 加之其發生為害時正是4-5月多雨水季節， 又不利開展藥劑防治， 所以做好預防工作在無公害栽培技術中顯得極為重要。
1、枯萎病
是一種真菌性的土傳病害， 由尖孢鐮刀菌和茄腐皮鐮刀菌侵染所致， 以尖孢鐮刀菌分離頻率和致病率最高， 為主要病原菌。
枯萎病發生的過程為：最初底部葉片變黃， 莖頂端變淺紫色， 輕度彎曲；其次病株底部葉片枯黃或枯萎四分之一至一半， 莖上部變紫彎曲；再次病株葉片枯萎一半以上， 莖上部嚴重彎曲；最後全株表現症狀， 整株枯死， 鱗莖盤變褐腐爛。
防治方法：在百合枯萎病剛剛開始表現症狀時， 立即用綠亨一號5克對水10-15公斤或5%菌毒清水劑300倍液， 或50%甲霜銅可濕性粉劑400倍液， 或60%百菌通可濕性粉劑500倍液，
2、灰黴病
是百合栽培生產中常見的病害， 主要危害葉片， 也侵染莖、花等， 葉片上最初出現圓形或橢圓形的病斑， 大小不一， 周圍呈紅褐色， 內部呈灰白色， 病菌在為害部位(表面)密生灰色黴層， 通過風雨、氣流傳播。 一般在4-5月開始發病， 遇高溫、高濕天氣迅速蔓延危害。 病菌生長適宜的環境條件：喜潮濕， 溫度為20-25℃， 病菌在被害部越冬。
防治方法：可選用1：1：100的波爾多液， 或86．2%銅大師或53．8%可殺得1000倍液噴霧， 隔7-10天噴1次， 連續噴藥2-3次， 藥劑要交替使用， 噴霧要均勻透徹。
3、葉枯病
也是百合栽培的常見病害， 病害最初的症狀是葉片上出現紅棕色的小斑點後，
防治方法：發病初期噴1：1：100的波爾多液或65%的代森鋅600倍液， 或50%多菌靈800倍液。
4、病毒病
以葉片出現症狀最為常見， 一般葉片縮小變斜， 葉正面出現大小不規則圓形斑紋， 葉片密生；病株明顯矮小， 花蕾畸形， 色澤變淡， 被害嚴重的鱗莖變小。
防治方法：噴藥除蚜蟲， 可畝用10-20克高興龍大功臣或蚜虱通殺10-20克， 或一遍淨20克， 或撲虱蚜20-30克對水40公斤均勻噴霧。
5、根腐病
最初表現為植株下部葉片死亡， 而後向上發展， 造成上部葉片乃至莖稈死亡。 症狀表現為根淡棕色， 部分根腐爛， 嚴重時造成整個鱗莖腐爛，
防治方法：發病初期可用50%代森銨200液或70%百菌清500倍液灌根， 每株灌液200升， 隔7-10天重複灌2-3次。
6、蚜蟲
主要是危害百合的嫩葉、莖稈， 特別是葉片展開時， 蚜蟲寄生在葉片上， 吸取汁液， 引起百合植株萎縮， 生長不良， 花蕾畸形；同時還傳播病毒， 造成植株感病。
防治方法與防治病毒病相同。
7、其他病蟲害
主要是地老虎、螻蛄啃食幼苗(莖)、螞蟻、蚯蚓、線蟲等為害地下鱗莖及鱗莖盤， 造成根腐死苗。
防治方法：①種植前、在定植溝(穴)中畝撒施生石灰30-50公斤。 ②種植前一定要清除雜草， 使用農家肥必須充分腐熟。 ③用茶枯或少量桐枯放到種球根部。 ④用敵敵畏500-600倍液澆灌根部， 防治螻蛄和地老虎。
