銀杏在低溫濕潤條件下， 可貯藏1年左右， 種子的硬化率低於10%， 如果濕度高， 空氣乾燥， 硬化率超過80%， 基本上就失去了其商品價值。 不論哪種方法貯藏， 供貯藏的果子必須充分成熟， 含水量不得超過20%， 還要將嫩果破殼剔除。
方法一般有以下三種：
一、冷藏 將銀杏果裝在消毒過的麻袋或竹簍內放入1℃-3℃的冷庫中， 每隔10-15天噴水一次， 保持濕度50%， 貯藏期間要定期檢查和翻動， 如冷庫內濕度保持在2℃， 5-6個月銀杏果仍潔白新鮮， 貯存時間可過一年。
二、沙藏 層積沙藏， 即可用於種子貯藏， 也可作為食用果子貯藏的一種方法。
三、水藏 將銀杏果子放在清水缸中， 並經常換水。 可貯藏4-5個月。
