為了闡明幽門狹窄的病因和發病機理, 多年來進行大量研究工作, 包括病理檢查、動物模型的建立、胃腸激素的檢測、病毒分離、遺傳學研究等, 但病因至今尚無定論。
(一)遺傳因素:在病因學上起著很重要的作用。 發病有明顯的家族性, 甚至一家中母親和7個兒子同病, 且在單卵雙胎比雙卵雙胎多見。 雙親有幽門狹窄史的子女發病率可高達6.9%。 若母親有此病史, 則其子發病的概率為19%, 其女為7%;父親有此病史者, 則分別為5.5%和2.4%。 經過研究指出幽門狹窄的遺傳機理是多基因性, 既非隱性遺傳亦非伴性遺傳, 而是由一個顯性基因和一個性修飾多因數構成的定向遺傳基因。
(二)神經功能:主要從事幽門腸肌層神經叢的研究者, 發現神經節細胞直至生後2~4周才發育成熟, 因此, 許多學者認為神經細胞發育不良是引起幽門肌肉肥厚的機理, 而否定過去幽門神經節細胞變性導致病變的學說, 運用組織化學分析法測定幽門神經節細胞內酶的活性;但也有持不同意見者, 觀察到幽門狹窄的神經節細胞與胎兒並無相同之處, 如神經節細胞發育不良是原因, 則早產兒發病應多於足月兒,
(三)胃腸激素:有實驗給孕狗服用五肽胃泌素, 結果所生小狗發生幽門狹窄的比例很高。 並發現孕婦在懷孕末期3~4月時血清胃泌素濃度相對很高。 據此認為孕婦在懷孕後期由於情緒焦慮使血清胃泌素濃度升高, 並通過胎盤進入胎兒, 加以胎兒的定向遺傳基因作用, 引起幽門長期痙攣梗阻, 幽門擴張又刺激G細胞分泌胃泌素, 因而發病。
(四)肌肉功能性肥厚:有學者通過細緻觀察研究, 發現有些出生7~10天嬰兒將凝乳塊強行通過狹窄的幽門管的徵象。 由此認為這種機械性刺激可造成粘膜水腫增厚。 另一方面也導致大腦皮層對內臟的功能失調,
(五)環境因素:發病率有明顯的季節性高峰, 以春秋季為主, 在活檢的組織切片中發現神經節細胞周圍有白細胞浸潤。 推測可能與病毒感染有關, 但檢測患兒及其母親的血、糞和咽部均未能分離出柯薩奇病毒。 檢測血清中和抗體亦無變化。