對於齲齒真正發生的原因, 現代醫學也是經過了一段時間統一認識才清楚的。 過去認為齲齒產生的原因是粘附在牙齒表面的牙菌斑, 它們是細菌與食物殘渣的複合物, 牙菌斑中的細菌與食物發生反應發酵產酸, 酸性物質腐蝕了牙齒, 造成齲齒。
隨著研究的進展, 這種學說已經被放棄了。 目前認為齲齒不單純是牙菌斑引起的, 而是多種因素相互作用的結果, 包括宿主、微生物、 飲食和時間四種主要因素, 醫學上稱為四聯因素, 缺少任何一種因素的參與都不可能發生齲齒。
宿主是指人體自身,
但是齲齒產生需要一個時間過程, 從開始到能看出有洞大概需要1年半左右的時間。 另外, 宿主情況的不同也有區別。 有些人比較注意口腔衛生, 牙齒的鈣化程度比較好, 就不容易發生齲齒;而有些人牙齒排列不齊, 容易積存食物, 又不注意好好刷牙, 就容易發生齲齒。