據臺灣《康健》雜誌報導， 咖啡因一直被認為是引起骨質疏鬆症的危險因數之一。 曾有報告指出， 咖啡因會增加尿液中鈣質排出。 不過從流行病學資料來看， 發現20～50歲的年輕女性適量攝取咖啡因（大約每天攝取咖啡因400毫克以內）和骨質流失及骨折並無相關。
但是50歲以上、停經後的女性則需要更小心飲用咖啡， 半數以上研究顯示， 咖啡因攝取量和50歲以上女性的骨質密度有關係。
女性一天喝多少杯咖啡才容易造成骨質疏鬆症？由比較近期的一個3170人參與， 平均年齡50～84歲女性的研究指出， 如果每天飲用超過兩單位的咖啡因飲料（一單位等於一杯咖啡或兩杯茶），
因此建議50歲以上女性最好減少咖啡因攝取， 若真想喝咖啡， 一天不宜超過2杯。
有人喝了咖啡覺得胃腸不舒服， 主要是受咖啡因影響。 這是因為咖啡因刺激了食道下端的括約肌， 使它比較鬆弛， 進而引起胃食道逆流， 或者咖啡因引起大量胃酸分泌， 造成不適。 因此， 患消化道疾病的人， 例如胃潰瘍、十二指腸潰瘍， 或是每次喝咖啡就大量冒出胃酸的人， 還是避開咖啡吧。
