新鮮蘆筍富含包括維生素C在內的多種抗氧化營養素。 挪威《斯堪的納維亞農業學報》刊登一項新研究發現， 微波爐加熱會導致蘆筍中維生素流失。 因為維生素C和B族維生素屬於水溶性維生素， 穩定性更差， 遇水、遇熱、遇光容易遭到破壞。
母乳很多媽媽將母乳擠入奶瓶存入冰箱， 使用時再用微波爐加熱， 這容易導致其中重要營養素減少。 美國《兒科》雜誌刊登一項研究發現， 微波爐加熱的母乳中含大腸桿菌的危險比其他方式加熱高18倍。
冷凍水果美國《生物電磁學》雜誌刊登一項研究發現，
微波爐加熱1分鐘就會摧毀大蒜中的活性硫烯丙基化合物， 使之失去應有的抗癌作用。
營養師提醒， 大部分的蔬菜尤其是綠葉菜如果用微波爐加熱， 都有可能存在營養素流失過多的問題， 因為蔬菜中維生素C等營養素對光熱較為敏感。 而肉類、蛋類、主食類用微波加熱， 營養損失較小。
西蘭花西蘭花是最常見的微波食物。 然而， 美國《食品和農業的科學雜誌》刊登一項研究發現， 用微波爐烹飪西蘭花會導致其中抗氧化成分減少97%。 而用燃氣灶烹飪西蘭花只會導致其中抗氧化物減少11%。
幹辣椒中的辣椒素具有揮發性和不穩定性， 微波加熱很容易著火。 微波加熱過程中， 幹辣椒散發出的化學物質會刺激眼睛和嗓子。
