1、子宮穿孔：妊娠周數愈大， 危險機率愈高;流產次數愈多， 穿孔機會也愈大。 其它如子宮位置、形狀異常或以前動過手術的子宮(如剖腹產或肌瘤切除)皆有較大的穿孔機會。
2、子宮頸或內膜粘黏：在進行人工流產時， 如果醫師的手法太過粗魯， 就很有可能導致子宮頸或內膜受傷、發炎， 就有可能產生術後的子宮頸或內膜粘黏、並會引起月經異常， 如無月經或月經量過少。 嚴重者會在以後產生不育症的情況。
3、子宮頸受傷：在人流的過程， 如果不小心， 擴張宮頸口的速度太快， 都有可能造成子宮頸的損傷，
4、麻醉：若麻醉師沒有掌握好， 實行麻醉時可能造成吸入性肺炎或呼吸停止的狀況。
5、不完全流產：如果手術施行不完全， 少量胎兒組織殘留於子宮內， 可能影響子宮收縮而造成持續出血或造成粘黏、感染等情況。 最好再仔細做一次手術清除殘餘的組織。 子宮的位置或形狀不正常， 一般比較容易造成此後遺症。
6、細菌感染：如果器械消毒不完全， 或是手術者本身未注意無菌過程， 即可能造成子宮內感染， 甚至繼續往上傳染侵犯輸卵管及骨盆腔， 嚴重時會造成以後容易宮外孕或不孕的後果。
