功能性消化不良也稱為非潰瘍性消化不良， 是指一組無器質性原因， 慢性持續性或反復發作性中上腹症候群。 功能性消化不良的前期診斷對於該疾病的對症治療是至關重要的， 功能性消化不良的診斷， 主要應與下列器質性病變相鑒別：
1、消化性潰瘍：消化性潰瘍是指發生在胃或十二指腸球部的潰瘍。 在臨床上消化性潰瘍也可以表現為上腹部疼痛、飽脹感、噯氣、反酸水、燒心、噁心、嘔吐、食欲減退等消化不良的症狀， 但上消化道鋇餐透視可發現有突出到胃壁內的叫做“龕影”的不透光影， 胃鏡檢查更能直接看到潰瘍病灶的大小及潰瘍周圍炎症的輕重。
2、慢性膽囊炎和膽石症：慢性膽囊炎或膽石症者常有右上腹部的疼痛和飽脹感、噯氣等消化不良的症狀， 有些患者可有反復發作的急性上腹部絞痛史。 通過腹部B型超聲檢查以及膽囊造影， 結合曾經反復發作的上腹部絞痛常能作出診斷。
3、胃癌：胃癌的早期常無特異的症狀， 只有胃鏡和病理檢查才能發現。 但隨著腫瘤的不斷增長， 影響到胃的功能時會出現消化不良的類似症狀， 在臨床上主要表現為上腹部疼痛或不適感， 食欲減退， 噁心、嘔吐等。 但胃癌的發病年齡多在40歲以上， 會同時伴有消瘦、乏力、貧血等提示惡性腫瘤的所謂“報警”症狀， 通過胃鏡檢查及活組織病理檢查不難確診。
