腎結石的主要表現是與活動有關的血尿和疼痛，
其程度與結石部位、大小、活動與否及有無併發症及其程度等因素有關，
且結石越小症狀越明顯。
正是由於腎結石的這些典型症狀，
使得它易與一些疾病相混淆，
比如腎結核。
腎結核也可出現疼痛和血尿等症狀，
甚至腹平片上也可見腎區的鈣化影，
尤其在腎結石合併有梗阻和感染時需特別注意與腎結核的相互鑒別。
1）腎結核往往有慢性頑固的膀胱刺激症狀，
經一般抗菌藥物治療無明顯效果；
2）腎結核患者的尿中有膿細胞，
而普通尿培養無細菌生長；
3）腎結核患者有時伴有肺結核或腎臟的小結核病灶；
4）腎結核患者的膀胱鏡檢查可見充血水腫、結核性結節、結核性潰瘍、結核性肉芽腫和瘢痕形成等病變，
此外， 鈣化型腎結核在平片可見全腎廣泛鈣化， 局灶性者在腎內可見斑點鈣化陰影。 而腎結核造影的早期X線表現為腎盞邊緣不整齊， 有蟲蛀樣改變， 嚴重者可見腎閉塞、空洞形成， 腎盞腎盂不規則擴大或模糊變形。
