黃連素是人們最常提到的必備藥物了。 它的學名叫做“鹽酸小檗堿”， 是從黃連、黃檗中提煉出來的一種生物鹼。
黃連素對多種細菌， 如痢疾桿菌、結核桿菌、肺炎球菌、傷寒桿菌及白喉桿菌等都有抑制作用， 其中對痢疾桿菌作用最強， 常用來治療細菌性胃腸炎、痢疾等消化道疾病。 通常每次口服0．1－0．5克， 每日3次。
2003年6月， 國家藥監局公佈了一批停用的藥品， 其中包括複方黃連素片和複方黃連素注射液， 有媒體報導黃連素已停用， 引起了很大誤會。 所謂的“複方黃連素”是按照地方標準生產的藥物， 此次停用是因為“品質不可控”，
黃連素口服後， 幾乎不被胃腸道吸收， 只是停留在腸道， 對抗致病的細菌。 這一特性雖然使黃連素對胃腸道外的感染沒有效果， 但由於黃連素不被吸收入血液， 所以副作用很小。 科學家曾給小鼠按每千克體重8克的用量服用黃連素， 24小時後尚有半數小鼠存活。 如果換作是體重60千克的人， 相當於每天吃上接近250克。 黃連素最常見的副作用是便秘， 大量應用後偶有噁心、嘔吐、皮疹及發熱， 停藥後即可消失。
需要指出的是， 腹瀉後若口服兩三粒黃連素即可見效， 大多屬於非感染性腹瀉或胃腸功能紊亂等疾病。
