在夜晚的後半段， 身體常規的生理機能並沒有調整好。 這意味著血壓、心率和呼吸的波動比通常情況更極端。 還有一個原因是身體平躺著， 處於相對靜止的狀態， 血液有些變濃， 並伴隨著一定程度的血液凝結。 起床的動作也有可能導致問題， 因為通常那時血壓水準會發生大的振盪， 加之還有突如其來乾脆響亮的鬧鈴聲， 有時身體就應付不過來。
鬧鈴聲也會增加你全面的壓力水準。 突然的雜訊會引起身體保護性的條件反射——“戰鬥或逃跑”， 提高腎上腺素水準。 專門研究如何處理這種疾病的馬克·阿特金森醫生認為，
科學家們發現， 當處於熟睡的人被喚醒時， 會影響其短期的記憶能力、認知能力甚至是計算技能。 這一發現已經被刊登在《美國醫學會》雜誌上。
參與被鬧鐘吵醒試驗的人最好成績僅是正常狀態的65%， 這相當於喝醉了酒——參與者的表現比他們被剝奪24小時的睡眠還要糟糕。 雖然在醒後最初的十分鐘內嚴重的影響會逐漸減輕， 但一些損害在醒後的兩小時還能被發現。
人類似乎從來就不是在黑暗中， 被大聲的噪音突然驚醒的， 而應該像我們的祖先那樣， 每天伴隨著一輪紅日冉冉升起， 漸漸自然地醒來。 專家建議， 最好不使用鬧鐘， 如果你非使用鬧鐘不可， 睡覺時必須保持鬧鐘離你的頭至少1米遠， 這樣方可將鬧鈴噪音的不良影響降到最低點。
