強調在診斷明確後， 針對病歷進行治療。 沒明確診斷的治療是一種盲目的對症治療， 有遺漏重要病變、延誤病情， 甚至導致錯誤治療的危險。 有人曾提出慢性便秘的治療目的是：
①恢復正常排便頻率和正常糞便稠度。
②解除便秘引起的不適。
③維持適當的排便規律而無需入為的幫助。
④緩解可致便秘症狀的原發病。 要達到這個目的不太容易， 要求醫生熟悉排便生理， 對患者便秘的病因、病理生理有深刻的瞭解， 正確運用各種治療方法， 以及病人的積極配合， 但關鍵仍是準確診斷。
㈠原發病的治療：對已查出的原發病，
㈡一般治療：在原發病一時難以糾正或暫未查出有明顯原發因素者， 以下一般措施對多數便秘患者有益。
1.糾正不良飲食習慣：多食粗纖維含量高的食物， 養成多飲水的習慣。 粗纖維能軟化大便， 增加糞便量， 並刺激結腸蠕動， 加快結腸轉運。 便秘患者定時口服少量的小麥麩皮， 是一種有效而又價格低廉的療法， 但此法不適用於腸道有器質性狹窄者。
2.糾正不良排便習慣：忽視便意是女性便秘患者中常見的現象， 作者統計， 高達33%。 其中多因早晨忙於家務、急於趕路上班而來不及上廁所， 部分則為工作中不便離開崗位而強忍便意。 經常忽視便意將影響正常排便反射， 導致便秘。 坐在便器上看書看報是另一種不良排便習慣， 不利於排便反射的連續進行。 對於不習慣坐式便器者， 改為蹲位排便較有利， 因蹲位時， 肛管直腸角增大， 更有利於糞便通過。 對於習慣長期服用瀉劑排便者， 應立即停止使用瀉劑， 在醫生指導下恢復正常排便習慣。
3.養成良好的生活習慣：生活起居要有規律， 要積極參加體育活動， 保持樂觀的的精神狀態， 也可有助於改善消化道的功能。
㈢藥物治療：可用於便秘治療的藥物很多， 但多數不適於慢性便秘患者， 亦不適宜長期適用。 當前， 濫用瀉藥的現象較為普遍， 造成少少醫源性便秘， 臨床上應慎重選用。 常見的瀉劑分以下幾類。
1.刺激性瀉劑：系通過刺激結腸粘膜、肌間神經叢、平滑肌， 增加腸道蠕動和粘液分泌而發生作用， 常見的有大黃、備瀉葉、酚酞、蓖麻油等。 大黃、番瀉葉含葸醌， 由結腸細菌水解成活性成分後發生作用， 僅作用於結腸或遠端回腸。 大黃口服後6～8小時排出稍軟的大便；番瀉葉服用後8～10小時引起瀉下， 如量大，
⑴鹽類瀉劑：如硫酸鎂、硫酸鈉， 因口服後不易吸收， 使腸腔內滲透壓升高， 阻止了水分的吸收， 致使腸內容物積增大， 腸道擴張而刺激腸蠕動。 作用較快， 口服後0.5～3小時、直腸給藥後5～15分鐘發生作用。 可用於急性便秘， 灌腸則常用於糞便嵌塞， 不能長期使用。 腹瀉劇烈者可致脫水。
⑵膨脹性瀉劑（充腸劑）：這種製劑含纖維素， 吸水後形成柔軟的凝膠， 使糞便容易排出， 並可刺激腸蠕動。 服後1至數天發生作用， 無全身作用， 可以長期使用， 尤在低纖維膳食、妊娠期、撤退刺激性瀉劑時為宜。 小麥麩皮、玉米麩皮、魔竽澱粉、瓊脂、甲基纖維素、車前子製劑等均屬此類。服用這類製劑時須注意多飲水；有腸狹窄者，因可引致腸堵塞，應慎用。
⑶軟化劑：為表面活化劑，能使糞便中的脂肪與水容易混合，並增加腸道分泌，如辛丁酯酸鈉（鈣）。通過口服，本身不吸收，但可增加其他物質的吸收，可能與瀉劑的肝毒性有關。只宜於短期（1～2周）使用，故不適合用於慢性便秘。
⑷潤滑劑：如石蠟油。在腸道中不被消化吸收，可包繞糞塊，使之容易排出；同時又妨礙結腸對水的吸收，故能潤滑腸腔、軟化大便，口服後6～8小時發生作用。長期使用可妨礙脂溶性維生素的吸收。不應與表現活性劑同時使用，以名增加礦物油的吸收。本品還是從肛門漏出，引起瘙癢。只能短期使用，不適於慢性便秘。
⑸高滲性瀉劑：因高滲性作用，增加腸腔內壓，刺激腸蠕動。甘油直接注入直腸後，由於高滲透壓刺激直腸壁引起排便反射，兼有潤滑作用，幾分鐘內可引起排便。乳果糖經結腸細菌代謝為低分子時的酸，降低結腸pH值，增加腸蠕動。
⑹其他瀉劑：曾使用過的一些瀉劑還有甘汞、蘆薈、牽牛、巴豆、硫磺等，現已不用。處理便秘病人時，應熟悉上述瀉劑的作用，合理用瀉。一般來說，慢性便秘以膨脹性瀉劑為主，僅在必要時再使用刺激性瀉劑。急性便秘可酌情選用小劑量的鹽類瀉劑、刺激性瀉劑、潤滑劑等，但不要超過1周；如超過1周仍不能糾正便秘，應仔細尋找病歷。凡有長期濫用刺激性瀉劑者，必須逐漸停用，並加服膨脹性瀉劑。作者曾多次處理長期濫用各種瀉劑者，停藥後用服麩皮製劑，同時多飲水，逐漸恢復規律排便，此過程中，可酌情間斷加用少量其他緩瀉劑，以幫助平穩過渡。不少患者自行或按醫囑長期、連續服用各種瀉劑，其實，一次用瀉劑將結腸完全排空後，需3～4天結腸才能重新充滿，因此，連續用藥是不妥當的。一般瀉劑口服後需6～8小時發生作用，故較合理的服藥時間應為睡前，這樣，次晨起床後或早餐後排便，更符合生理。
㈣灌腸：主要適應症是術前腸道準備、糞便嵌塞、急性便秘。溫生理鹽水較為適宜，因其對腸道刺激小。而肥皂水因對結腸粘膜刺激太大，應避免使用。另外，經常灌腸是產生依賴性，應予注意。
㈤外科治療：外科治療的適應症主要是結腸、直腸、肛管器質性或功能性病變所引起的便秘。
1.結腸阻塞：由於以往的常規檢查手段即能容易地明確此類病變，從而及時採取相應的治療措施，恢復結腸的暢通，消除便秘症狀。
2.直腸肛管出口阻塞：
⑴肛管狹窄、肛裂、痔可分別作相應的外科處理，注意必須保護肛管組織，以免術後造成新的狹窄。
⑵直腸內套疊(rectal intussusception)。
⑶直腸前突（rectocele）：在女性中十分常見，但僅部分病人有便秘症狀，而且直腸前突的深度與排便困難的程度並無明顯的平行關係。這提示，發現直腸前突不等於發現了便秘的真正病因。據作者研究的結果，直腸前突只是盆底鬆弛所引發的諸多臨床表現中的一種表現形式，而且相當多的腸道慢轉動型便秘患者也有明顯的直腸前突。只有經過反復、周密的檢查，排隊了腸道慢轉運、內外括約肌、盆底肌功能失常和直腸內套疊以及濫用瀉藥的影響後，再經1～3個月嚴格的保守治療，確定直腸前突是引起出口阻塞症狀的主要原因，而且保守治療不能解除症狀時施行直腸前突修補手術才能獲得預期的效果。如果僅憑某些檢查便急於手術治療，很難得到可靠的遠期療效。⑷盆底痙攣綜合征（spastic pelvic floor syndrome）和恥骨直腸肌綜合征（puboreetalis syndrome）：都是因盆底肌（橫紋肌）在排便時不能鬆弛，甚至反而收縮，以致封閉盆底出口，引起排便困難的綜合征。兩征在病因、診斷、治療等方面都還有許多問題有待進一步探討。以往認為，兩征的主要區別是後者有恥骨直腸肌肥大，故一段時間內曾採用恥骨直腸肌部分切除術、切斷術治療此類疾患，但遠期療效均不理想，目前，多傾向採用生物回饋療法以訓練病人排便時鬆弛盆底肌，堅持長時間訓練，獲得了較好的療效。作者對上述兩綜合征進行了研究以後，認為這一類疾病的發病原因可能與潛在的先天異常有關。兩種綜合征可能是同一疾病的不同發展階段。其臨床的共同特徵是排便時盆底橫紋肌反射性弛緩功能失常，導致盆底肌、外括約肌整體反常收縮，而在安靜及盆底收縮時無明顯異常，故建議統一改稱為“盆底失馳緩綜合征”（unrelaxed pelvic floor syndrome）。
由於迄今為止還不能從解剖學、生理學、組織學方面證實後一綜合征的病理變化僅發生在恥骨直腸肌，而作者對多例此類患者進行恥骨直腸肌、恥骨尾骨肌、外括約肌同步 小麥麩皮、玉米麩皮、魔竽澱粉、瓊脂、甲基纖維素、車前子製劑等均屬此類。服用這類製劑時須注意多飲水；有腸狹窄者，因可引致腸堵塞，應慎用。⑶軟化劑：為表面活化劑，能使糞便中的脂肪與水容易混合，並增加腸道分泌，如辛丁酯酸鈉（鈣）。通過口服，本身不吸收，但可增加其他物質的吸收，可能與瀉劑的肝毒性有關。只宜於短期（1～2周）使用，故不適合用於慢性便秘。
⑷潤滑劑：如石蠟油。在腸道中不被消化吸收，可包繞糞塊，使之容易排出；同時又妨礙結腸對水的吸收，故能潤滑腸腔、軟化大便，口服後6～8小時發生作用。長期使用可妨礙脂溶性維生素的吸收。不應與表現活性劑同時使用，以名增加礦物油的吸收。本品還是從肛門漏出，引起瘙癢。只能短期使用，不適於慢性便秘。
⑸高滲性瀉劑：因高滲性作用，增加腸腔內壓，刺激腸蠕動。甘油直接注入直腸後，由於高滲透壓刺激直腸壁引起排便反射，兼有潤滑作用，幾分鐘內可引起排便。乳果糖經結腸細菌代謝為低分子時的酸，降低結腸pH值，增加腸蠕動。
⑹其他瀉劑：曾使用過的一些瀉劑還有甘汞、蘆薈、牽牛、巴豆、硫磺等，現已不用。處理便秘病人時，應熟悉上述瀉劑的作用，合理用瀉。一般來說，慢性便秘以膨脹性瀉劑為主，僅在必要時再使用刺激性瀉劑。急性便秘可酌情選用小劑量的鹽類瀉劑、刺激性瀉劑、潤滑劑等，但不要超過1周；如超過1周仍不能糾正便秘，應仔細尋找病歷。凡有長期濫用刺激性瀉劑者，必須逐漸停用，並加服膨脹性瀉劑。作者曾多次處理長期濫用各種瀉劑者，停藥後用服麩皮製劑，同時多飲水，逐漸恢復規律排便，此過程中，可酌情間斷加用少量其他緩瀉劑，以幫助平穩過渡。不少患者自行或按醫囑長期、連續服用各種瀉劑，其實，一次用瀉劑將結腸完全排空後，需3～4天結腸才能重新充滿，因此，連續用藥是不妥當的。一般瀉劑口服後需6～8小時發生作用，故較合理的服藥時間應為睡前，這樣，次晨起床後或早餐後排便，更符合生理。
㈣灌腸：主要適應症是術前腸道準備、糞便嵌塞、急性便秘。溫生理鹽水較為適宜，因其對腸道刺激小。而肥皂水因對結腸粘膜刺激太大，應避免使用。另外，經常灌腸是產生依賴性，應予注意。
㈤外科治療：外科治療的適應症主要是結腸、直腸、肛管器質性或功能性病變所引起的便秘。
1.結腸阻塞：由於以往的常規檢查手段即能容易地明確此類病變，從而及時採取相應的治療措施，恢復結腸的暢通，消除便秘症狀。
2.直腸肛管出口阻塞：
⑴肛管狹窄、肛裂、痔可分別作相應的外科處理，注意必須保護肛管組織，以免術後造成新的狹窄。
⑵直腸內套疊(rectal intussusception)。
⑶直腸前突（rectocele）：在女性中十分常見，但僅部分病人有便秘症狀，而且直腸前突的深度與排便困難的程度並無明顯的平行關係。這提示，發現直腸前突不等於發現了便秘的真正病因。據作者研究的結果，直腸前突只是盆底鬆弛所引發的諸多臨床表現中的一種表現形式，而且相當多的腸道慢轉動型便秘患者也有明顯的直腸前突。只有經過反復、周密的檢查，排隊了腸道慢轉運、內外括約肌、盆底肌功能失常和直腸內套疊以及濫用瀉藥的影響後，再經1～3個月嚴格的保守治療，確定直腸前突是引起出口阻塞症狀的主要原因，而且保守治療不能解除症狀時施行直腸前突修補手術才能獲得預期的效果。如果僅憑某些檢查便急於手術治療，很難得到可靠的遠期療效。⑷盆底痙攣綜合征（spastic pelvic floor syndrome）和恥骨直腸肌綜合征（puboreetalis syndrome）：都是因盆底肌（橫紋肌）在排便時不能鬆弛，甚至反而收縮，以致封閉盆底出口，引起排便困難的綜合征。兩征在病因、診斷、治療等方面都還有許多問題有待進一步探討。以往認為，兩征的主要區別是後者有恥骨直腸肌肥大，故一段時間內曾採用恥骨直腸肌部分切除術、切斷術治療此類疾患，但遠期療效均不理想，目前，多傾向採用生物回饋療法以訓練病人排便時鬆弛盆底肌，堅持長時間訓練，獲得了較好的療效。作者對上述兩綜合征進行了研究以後，認為這一類疾病的發病原因可能與潛在的先天異常有關。兩種綜合征可能是同一疾病的不同發展階段。其臨床的共同特徵是排便時盆底橫紋肌反射性弛緩功能失常，導致盆底肌、外括約肌整體反常收縮，而在安靜及盆底收縮時無明顯異常，故建議統一改稱為“盆底失馳緩綜合征”（unrelaxed pelvic floor syndrome）。
由於迄今為止還不能從解剖學、生理學、組織學方面證實後一綜合征的病理變化僅發生在恥骨直腸肌，而作者對多例此類患者進行恥骨直腸肌、恥骨尾骨肌、外括約肌同步