原發性乾燥綜合征侵犯胃腸道很多見, 但患者不一定皆表現有明顯胃腸道症狀。
除因口幹, 咽、食管乾燥致吞咽困難外, 萎縮性胃炎高達70.5%(纖維胃鏡檢查結果, 而胃腸科胃鏡日常檢查總的結果只7.6%檢出萎縮性胃炎)。 低胃酸和無胃酸分泌者分別為36.4%和13.6%。 35%患者血清抗壁細胞抗體陽性。 作空腸粘膜活檢, 部分病例雖不同顯微鏡只示兩側絨毛萎縮, 但掃描電鏡下絨毛均較腫脹而粗短。 20.5%患者有小腸吸收功能低下。 15%有胰腺外分泌功能異常。 急性胰腺炎雖不多見, 但亞臨床型胰受累由1/4患者血澱粉酶升高看來並不少見。