俗話說：是藥三分毒， 抗癲癇藥也不例外。 一方面它可以控制癲癇發作， 另一方面也可以引起某些危害機體的毒副作用。 對於幼兒癲癇綜合征來說， 醫生根據患兒的年齡、病史、發作類型所選用的抗癲癇藥都是經過長期臨床使用， 篩選並且證明是安全、有效的。 藥物的毒副作用多是輕微的、可逆的。 在臨床上抗癲癇藥的副作用最多出現在皮膚， 可以出現各種類型的皮疹， 有時還可能伴發熱、淋巴結腫大。 其次還可有肝功能受損， 血細胞減少。 有的可引起運動障礙， 如肢體無力、走路不穩、震顫、舞蹈症等，
藥物不良反應的出現往往是在治療的開始階段， 如抗癲癇藥所致的特異性超敏反應、胃腸道反應， 常常發生在開始治療的2-8周以內。 其次， 當快速調整藥物劑量的時候， 應用高劑量時， 甚至血藥濃度在治療範圍時也會出現。 再者， 在抗癲癇藥聯合應用時， 由於藥物間的相互作用和藥效學的改變也可使藥物的不良反應增加。 還有患者的遺傳易感性， 患病前的狀況都會導致患者易於發生某種抗癲癇藥的不良反應。
由於癲癇病的特點， 需在較長的時間內堅持服藥， 有時劑量較大， 在不得已的情況下需聯合用藥， 因此對藥物安全性的問題醫患雙方都要引起足夠的重視。
為了盡可能減少抗癲癇藥物副反應的發生， 醫生往往要詳細瞭解患兒的病史和軀體情況， 選擇藥物時既要針對癲癇的發作類型， 又要重視藥物對患兒的不良影響， 使之達到最大療效， 而對健康及認知的影響最小,醫生還要採取緩慢加量的用藥原則， 盡可能避免多藥合用,並且加強對用藥早期的觀察。
對患兒及家長而言， 在應用新的抗癲癇藥的最初幾周， 尤其應當與醫生認真配合， 在可能的條件下做好記錄， 注意觀察藥物療效和副反應， 注意與藥物劑量的相關性， 以及影響的因素， 及時地與醫生取得聯繫。 不要因為早期出現的副反應就對治療失去信心,過早地放棄了某種藥物的治療。 自行停藥往往會導致癲癇的發作更為頻繁，
