有些疾患與失眠的症狀類似， 很容易發生混淆， 特別是下面這幾種， 需要仔細鑒別。
睡眠衛生不良 睡眠衛生不良可直接導致失眠， 當糾正不良的睡眠習慣後， 失眠即可緩解。 而心理生理性失眠則是指與促發因素無關的失眠， 例如在改變不良睡眠習慣並持續保持良好的睡眠衛生後， 患者的睡眠問題依然存在。
抑鬱症 心理生理性失眠與抑鬱症相區別的基礎在於抑鬱症患者可存在其他“自主神經症狀”， 如食欲減退、明顯的晝夜性情感節律波動和消化道不適等。 亦應考慮到容易導致抑鬱症的近期生活事件，
廣泛性焦慮障礙 廣泛性焦慮障礙患者在覺醒狀態下也可見到焦慮症狀， 社會適應能力明顯受損。 心理生理性失眠患者的核心症狀表現為失眠， 相關的臨床症狀為持續覺醒狀態的後果。
調節性睡眠障礙 心理生理性失眠患者在臨床症狀出現前， 也可能因為各種應激性事件導致調節性睡眠障礙， 表現為一段時間的失眠， 當應激性因素消失後， 睡眠可以恢復正常。 但此時如果患者仍然過分地全神貫注於自己的睡眠問題或擔心自己睡不著，
短睡眠者 短睡眠者覺醒後能夠獲得清醒的感覺， 不會因為由於睡眠時間短而對日間功能產生不利的影響。 而在特發性失眠患者， 由於所獲得的睡眠時間減少， 不能滿足自己的需要， 因此在日間活動受到影響， 可以表現為警覺性下降和慢性疲勞等。
心理生理性失眠是患者過分注意睡眠問題引起的失眠。 主要是間歇性緊張狀態導致睡眠品質差和兩種適應不良的行為， 包括越努力想睡就越緊張的惡性循環， 按患者的話就是“想盡一切辦法去睡”;就寢習慣、就寢固定性行為和與睡眠相關的活動使患者條件化，
