肛瘺一般有急性肛門直腸周圍膿腫的病史。 膿腫自破或經手術切開排膿， 從肛門皮膚外口或肛門內流膿， 這些都是診斷肛瘺的主要標誌。
1、望診
可見外口常在肛門周圍皮膚上或臀部形成一突起或凹陷。 周圍皮膚因膿液刺激， 常有脫皮發紅， 有時有肉芽組織由外口內突出。 周圍皮膚紅紫色， 多為結核性瘺管。
2、觸診
低位肛瘺之瘺管， 在皮下可以摸到繩狀硬條， 由外口行向肛門， 用指按壓， 有膿液由外口流出。
3、直腸指檢
常在肛管後側、齒線附近可摸到中心凹陷的小硬結， 有輕微壓痛， 即是原發內口。
4、確定瘺管的深度與括約肌的關係
由於肛瘺的管道通過外括約肌和肛提肌， 有時管道在內括約肌之間走行， 手術中切開管道， 必然要切開有關的括約肌。 特別是通過肛門直腸環的瘺管， 切開肛門直腸環， 術後會引起肛門失禁。 因此在檢查中必須弄清瘺管走行與肛門括約肌的關係。
5、確定瘺道主體與支體的變化
在肛瘺檢查中， 不能單純從內口的數目， 或瘺管是直的還是彎曲的， 或者從病變的一個平面上瞭解病變的全貌;有時從肛門外部看， 僅一個外口， 症狀也不明顯， 但可能是瘺管很深， 內口尋求比較困難的複雜性肛瘺;有時瘺外口較多， 肛門皮膚病變較大， 但其主管很低， 屬於容易處理的簡單肛瘺。 因此對肛痿的診斷要具體細緻。
6、全身檢查
肛瘺雖然表現為局部病變， 但也與全身情況或某些疾病相聯繫， 絕不能忽視全身檢查。 活動性肺結核患者發生肛瘺， 往往為結核性肛瘺， 且術後創口癒合較慢;骶髂骨結核患者發生的肛瘺， 有可能是骨結核所引起的;非特異性潰瘍性結腸炎， 有時也因併發肛門膿腫， 破潰後形成肛瘺等。 對複雜性肛瘺更應注意全身檢查， 必要時作細菌培養和抗生素敏感試驗， 並注意血沉、血象變化。 或進行肛門括約肌功能測定。
對某些可疑病例， 還應作活組織病理檢查， 以確定肛瘺的性質， 並要特別觀察有無癌變。
