藏藥理論主要有兩個方面；一是講藥物的生長、性、味、效、與五源(水、土、火、風、空)有密切關係：二是講性、味、效是臨床用藥的理論基礎。
萬物之生機來於五源， 藥物的生長亦來於五源， 其中， 土為藥物生長之本源， 水為藥物生長汁液， 火為藥物生長熱源， 氣為藥物生長之動力， 空為藥物生長之空間。 五源缺一， 特別是空(天)缺了， 藥物則無生機。 這一精闢論述， 闡明了藥物生長與自然環境的辯證關係， 這就是當今所說的生態環境對植物生長的特殊性。 同時它認為藥物的味、性、效亦來源於五源。 土與水使其生出甘味；火與土使其形成酸味、水與火的成分生出鹹味；水與風的成分大時則生出苦味；火與風的成分大時則生出辛味；土與風的成分大時則生出澀味。
土性藥其性重、穩、鈍、柔、潤、幹。 其作用是能使身體堅實， 主要能醫治“龍”病。 水性藥其性稀、涼、重、鈍、潤、柔、軟， 其作用是能滋潤身體， 主要是能醫治“赤巴”病。 火性藥其性辛、銳、幹、糙、輕、潤、動， 其作用是能生火熱， 主要醫治“培根”症。 風性藥物其性輕、動、寒、糙、燥、幹， 其作用是使身體堅實， 精氣通行， 主要能醫治“培根”、“赤巴”病。 空性藥物統帥其他四大種所生的藥物， 遍行全身；主要治療綜合性的疾病。 因此， 五大種相合生成各物， 地上無物不為藥。
藥味的區別：計有甘、酸、鹹、苦、辛、澀六種， 其滋養身體的力量依次以前者較大。 舌對藥物的感覺就是味， 因此甘味在口中能長時間地停留， 能引起食欲；酸味會使牙酸癢， 口水外流；鹹味一接觸舌頭， 口水會聚集；苦味能使口臭消失， 引起反胃；辛味一到口裡就感覺刺舌頭， 流眼沮；澀味一到口中便覺粘舌、粘顎， 有粗糙的感覺。
